В папке Application Data находятся данные, связанные с различными программами - конфиги, сейвы(если для игр) и др. Что из нее удалять - сугубо твой выбор, а то может получиться так, что после удаления все настройки кокой-нибудь программы сбросятся по умолчанию, или придется заново проходить какую-нибудь игру...